Windows имеет внутренний список неудаляемых корневых сертификатов

В Windows, согласно https://technet.microsoft.com/en-us/library/dn265983(v=ws.11).aspx обновление корневых сертификатов производится с помощью Certificate Trust List — CTL. Хотя из статьи следует, что это какая то примочка для кеширования списка сертификатов на локальном сервере, поиск услужливо подсказывает, что существует http://www.download.windowsupdate.com/msdownload/update/v3/static/trustedr/en/authrootstl.cab, подписанный Microsoft, которому Windows, начиная с 7, доверяет безоговорочно, и обновляет его каждые 2 недели, а в случае установки особого обновления — каждый день.

В консоли (MMC) можно добавить сертификаты, к которым нет доверия, но вот удалить корневой сертификат не так то просто.

Источник: Хабрахабр